参与起草中医药事业发展的地方性法规、规章草案并监督执行;拟订中医药事业中长期发展规划、计划并组织实施;促进吴门医派传承与发展;指导并监督中医医疗机构及其医务人员、医疗质量、医疗服务等管理政策规范、标准实施;指导综合医院、妇幼保健机构、专科医院以及基层医疗卫生机构中的中医药工作;承担上级中医药部门下达的科研项目等任务;负责上级中医药部门下达的中医药师承教育、毕业后教育、继续教育和相关人才培训工作。